內分泌
經期頭痛與血清中的雌二醇（一種女性激素）濃度變化有關。在月經前後，血清中的雌二醇濃度降低，從而引起血管張力的變化，使一部分對此敏感的患者發生頭痛。月經後，血清中雌二醇濃度回複至正常，病人的頭痛亦可緩解或者消失。
但是，臨床上常見的經期頭痛，卻和內分泌紊亂緊密相連。現實生活中，女性在工作時難免遇到一些不順心的事或一些棘手的問題，加上現代都市緊張的生活和工作壓力，使大腦神經處於緊張狀態。精神疲乏、缺少運動、睡眠不足，甚至還有些女性，因為減肥長時間不吃東西。這些不好的生活習慣，都可能會導致內分泌紊亂，進而引發經前綜合征。
不良生活習慣
從中醫角度，可以把經期頭痛稱為經行頭痛。是由長期生活習慣不良或者情緒不穩定引起的，它會導致體內毒素長期淤積，毒素進入血管，引起血管擴張，從而造成頭痛。
精神壓力
女性在工作中難免遇到一些不順心的事或一些棘手的問題，加上現代都市緊張的生活和工作壓力，使大腦神經處於緊張狀態，有時情緒低落、極度疲乏又缺少運動，睡眠時間過長，生活沒有規律，有時長時間不吃東西，有時狼吞虎咽等等導致經期偏頭痛。
刺激性氣味
某些濃烈的氣味，如香水等會刺激人的神經，可能引發經期偏頭痛。
輻射
一些在電腦前工作的人容易患經期偏頭痛，是因為受電磁輻射。此外如電視屏幕、鎂光燈、強力陽光等，這些因素會使人的眼睛疲勞引發頭痛。